В мире, где битва за выживание человечества принимает эпические масштабы, ангелы продолжают свои беспощадные атаки на Землю. Организация Nerv вынуждена действовать быстро и решительно, принимая новых пилотов, чтобы защитить человечество. В нервную атмосферу вступают два новых пилота: Мари Илластриэс Макинами и Аска Лэнгли Сикинами. Мари, пилотировавшая Евангелион-05, находит себя в центре боевых действий, несмотря на то, что ее Ева пала уже в первом сражении. В то же время Аска, прибывшая на пилотирование Евы-02, позже берет на себя управление Евой-03.
Пока ангелы угрожают миру, верхушка Nerv и тайная организация Seele разрабатывают проект совершенствования человечества, преследуя свои загадочные и кажущиеся недостижимыми цели. Этот амбициозный проект включает ключевых фигур, таких как Рей Аянами и Синдзи Икари, а также таинственного мальчика по имени Каору Нагиса. Каждая из этих личностей играет свою неповторимую и значимую роль в великом замысле.
Гэндо Икари, руководитель Nerv, движим своими скрытыми мотивами, погружается все глубже в реализацию проекта, который должен изменить судьбу всего человечества. Под его руководством, Рей и Синдзи, несмотря на свой юный возраст и личные драмы, становятся центральными фигурами в этом грандиозном плане. Рей, чье происхождение окутано тайной, и Синдзи, вынужденный противостоять своему отцу и собственной неуверенности, сталкиваются с непростыми выборами.
Тем временем, таинственный Каору Нагиса, обладающий загадочными способностями и знаниями, раскрывает свои истинные намерения, оставаясь при этом загадочной фигурой. Его появление добавляет новый уровень интриги в и без того сложное переплетение событий. Все эти персонажи, каждая со своей уникальной мотивацией и внутренними конфликтами, движутся к неизбежной кульминации, которая обещает изменить мир раз и навсегда.
