Действие разворачивается в 0097 году Вселенского Века, спустя год после событий OVA «Мобильный воин Гандам: Единорог». Несмотря на открытие «Ящика Лапласа» и признание прав ньютайпов, мир не претерпел значительных изменений. Конфликт, названный «Инцидентом Лапласа», закончился распадом группировки остатков Нео-Зиона, известных как «The Sleeves».
В последней битве два мобильных доспеха продемонстрировали силу, недоступную человеческому пониманию. Белый Единорог и Чёрный Лев были запечатаны, и теперь, казалось бы, полностью забыты. Но внезапно появляется считавшийся утерянным два года назад третий мобильный доспех серии «Единорог» — золотой «Фенекс». Вдруг возвращение золотого Фенекса встревожило все стороны конфликта. Его сила и возможности оказались выше всех ожиданий, вызывая недоумение и страх среди противоборствующих фракций. Каждый из них пытается заполучить этого могущественного доспеха, чтобы использовать его в своих целях. Началась новая глава космической борьбы за власть, где теперь ключом к победе становится контроль над Фенексом.
