В мире, где человечество оказалось на грани исчезновения из-за нападения негуманоидной расы, известной как Гауна, выжившие люди нашли спасение, уйдя с Земли на гигантских космических кораблях, известных под названием «Сидония». Эти колоссальные структуры несут последние остатки человеческой цивилизации через бескрайние просторы космоса, периодически останавливаясь для пополнения ресурсов. Несмотря на вынужденное бегство, над ними все еще нависает угроза новых нападений Гауна.
Чтобы противостоять этому непрекращающемуся устрашению, учёные активно разрабатывают специализированные средства для борьбы с инопланетными захватчиками. Военные, в свою очередь, тщательно осваивают и внедряют эти технологии в свою тактику и стратегию. Среди всех этих событий выделяется история юноши по имени Нагатэ Таникадзэ. Выросший на нижних уровнях одного из кораблей «Сидонии», Нагатэ с детства был изолирован от остального общества и жил под опекой своего "деда" Хироки Сайто.
Эта обособленность не была случайной – она сыграла свою роль в формировании уникальных навыков у Нагатэ. Прошло много времени, прежде чем он оказался на поверхности корабля. Смерть опекуна и непреодолимый голод вынудили его покинуть безопасность подземелья. Благодаря старому имитационному тренажеру, на котором он проводил бесчисленные часы, Нагатэ овладел искусством пилотирования до такой степени, что стал ценным ресурсом для всего корабля.
Теперь его навыки играют ключевую роль в защите «Сидонии» от безжалостных атак Гауна. Судьба всей человеческой расы буквально висит на волоске, и мужество, умения и решимость Нагатэ могут стать тем, что перевесит чашу весов в пользу выживших. Эта история, несмотря на всю свою сложность, является краткой версией большого и насыщенного событиями TV-сериала, оставляя зрителю место для размышлений о хрупкости человеческой жизни и неукротимом стремлении к выживанию.
Фильм предлагает зрителю сокрушительную комбинацию экшена, драматизма и философских вопросов, заставляя задуматься о смысле существования и цене, которую мы готовы заплатить за свободу и безопасность. Темные глубины космоса становятся метафорой для непознанных глубин человеческой души, где каждый шаг может стать решающим в борьбе за будущее.
