В Европе неожиданно появляются ранее невиданные драконы, такие как «Дракон Киберконца» и «Радужный Дракон», которые ответственны за разрушение целых городов. Эти катастрофические происшествия приводят к серьёзным изменениям в истории человечества, вызывая настоящий хаос и беспорядок. На фоне этих страшных событий во время скоростной дуэли Юсэй Фудо сталкивается с загадочным человеком, который крадет его ценную карту «Дракон Звёздной Пыли».
Юсэй решается на погоню за таинственным похитителем и неожиданно оказывается в прошлых временах, где он встречает Дзюдая Юки. Они быстро понимают, что для защиты мира и восстановления порядка им понадобится объединить свои силы. Вместе они начинают путешествие ещё дальше в прошлое, где им предстоит встретиться с легендарным королём дуэлей, Юги Муто.
Каждому из троих дуэлянтов предстоит использовать не только свои мастерские навыки в дуэлях, но и искреннюю веру в свои карты и союзников. Эти качества становятся ключевыми в их борьбе против похитителя карт, который обладает некими могущественными силами. Оставаясь верными своим принципам и дружбе, Юсэй, Дзюдай и Юги должны одолеть врага, чьи темные замыслы угрожают всему миру.
Их сотрудничество и взаимопонимание становятся основой для возвращения мира в привычное русло. Только объединив усилия, они смогут преодолеть все трудности и восстановить миропорядок. Борьба с могущественным похитителем карт становится важнейшим испытанием, которое требует не только умения и решительности, но и безграничной веры друг в друга.
