Действие истории начинается за двадцать лет до её основных событий, когда космический объект, астероид Танатос, несущийся в направлении Земли, сталкивается с Плутоном и разрушает его. Этот катастрофический инцидент временно приостанавливает движение астероида, однако угроза его падения на Землю остаётся актуальной. С целью предотвращения неминуемого разрушения планеты, была сформирована научная организация МАИСС (Международное агентство изучения солнечной системы). В рамках своих изысканий и разработок, учёные МАИСС запускают проект «Д», основанный на использовании загадочного «яйца дракона», которое было обнаружено в глубинах океана. Результатом проекта становится создание уникального оружия под названием «Драгонавт», предназначенного для устранения угрозы, исходящей от Танатоса.
Однако вскоре, и пилоты нового оружия, и учёные, работающие над проектом, осознают, что опасностей гораздо больше, чем они изначально предполагали. Вместе с угрозой от астероида, Землю начинают заполнять неизвестные, и, возможно, враждебные существа. В этот период на сцену выходит главный герой — юный Дзин Камисина. Он становится случайным свидетелем ужасающего убийства, совершённого одним из этих таинственных существ. Когда его собственная жизнь оказывается под серьёзной угрозой, герой спасается благодаря вмешательству загадочной девушки по имени Тоа.
Ситуация оборачивается ещё более сложной и запутанной, когда Дзин понимает, что между ним и Тоа существует нечто большее, чем просто случайное столкновение. Их судьбы начинают переплетаться в условиях нарастающей угрозы как от астероида, так и от появившихся странных существ. События разворачиваются стремительно, создавая напряжение и заставляя героев бороться за своё выживание и будущее Земли. В центре повествования лежит не только борьба с внешними угрозами, но и внутренние переживания, личные драмы и взаимодействия персонажей, которые придают истории глубину и многослойность, делая её захватывающей для зрителя.
