После событий, произошедших в первой части, жизнь героев заходит на новый виток. Ёко, преданная своему делу, отправляется в подводную экспедицию у берегов Мадагаскара. Погружаясь в синие глубины океана, она занимается исследованиями, стремясь раскрыть новые тайны морских глубин. В это время Мадока, потерявшая способность активировать «глаз ауры», возвращается в родную Камогаву, где её встречает множество воспоминаний и тёплых семейных моментов.
Вернувшись домой, она обнаруживает письма от своих лучших подруг — Лан и Мугинами. В этих письмах подруги рассказывают Мадоке о своей современной жизни, делятся своими успехами и переживаниями, а также поздравляют её с Новым Годом, передавая приветы из далёких уголков вселенной. Эти письма становятся для Мадоки источником поддержки и вдохновения.
Проходит несколько месяцев, учебный год подходит к концу. Мадока успешно переходит в следующий школьный класс, а её день рождения уже не за горами. Время летит незаметно, но впереди её ждут новые испытания и радости. Наступает важный момент — её подруги, Лан и Мугинами, решают посетить копию Камогавы, созданную как межгалактический туристический центр на планете Полигидрон.
Этот визит становится особенным событием для всех троих. Воссоединение с подругами наполняет Мадоку счастьем и радостью, ведь теперь они снова смогут провести время вместе, обсудить прошлое и помечтать о будущем. Планета Полигидрон удивляет их своей красотой и необычностью, создавая уникальную атмосферу для новых приключений.
В то время как Ёко погружается в научные исследования, Мадока находит новый смысл в общении с подругами и поддержке семьи. Этот этап жизни героев наполнен гармонией и теплом, но оставляет интригу будущих событий. Близится новый виток их непростой, но увлекательной судьбы, где дружба и взаимопомощь вновь сыграют ключевую роль.
